Secara geografis Desa Pardugul Kecamatan Kecamatan Pangururan Kabupaten Samosir terletak di 98º 41’ 41” BT dan terletak di 2º 38΄ 21″ LS. Secara topografi Desa Pardugul termasuk dalam kategori Daerah dataran tinggi dengan ketinggian ±906,5 meter dari permukaan laut (mdpl).
Adapun batas-batas wilayah Desa Pardugul Kecamatan Pangururan Kabupaten Samosir adalah sebagai berikut:
a. Sebelah Utara : Desa Panampangan Kecamatan Pangururan
b. Sebelah Timur : Desa Salaon Toba Kecamatan Ronggur nihuta
c. Sebelah Selatan : Desa Parlondut Kecamatan Pangururan
d. Sebelah Barat : Danau Toba
Adapun luas wilayah Desa Pardugul adalah 110,5 Ha yang terdiri dari :
1. Tanah sawah : 32,83 Ha
terdiri dari : a. Irigasi Teknis : 24,60 Ha
b. Irigasi setengah Teknis : 5,29 Ha
c. Tadah Hujan : 2,94 Ha
2. Tanah bukan sawah : 77,67 Ha
terdiri dari : a. Pekarangan/bangunan : 55,61 Ha
b. Tegalan : 7,32 Ha
c. Perkebunan : 4,02 Ha
d. Tanah Fasilitas Umum : 3,86 Ha
e. Sungai : 5,38 Ha
f. Lain-lain (jalan, makam, lahan tidur, dll) : 1,50 Ha
Terkait dengan administrasi pemerintahan, wilayah Desa Pardugul terbagi ke dalam 2 wilayah Dusun dan tidak memiliki RT maupun RW